少しブログ更新がとどこってしまいました。いくつか溜まっていた記事を投稿していきます。
今回はPCRに欠かせないプライマーの作り方です。
「プライマーの作り方」で検索すると非常にたくさんの方法がヒットします。
この記事では、ラボの先輩に教わったこと、注意していることを中心にお話していきます。
Snap Geneというソフトをいつも利用しています。
注意点は以下の通りです。
- 20bp前後で作成(18-30bp程度が目安)
- Tm(融解温度)がフォワードプライマーとリバースプライマーでだいたい同じになるようにする。
- GC率が40-60%程度になるようにする。
→ATが2つの水素結合でつながっているのに対し、GCは3つの水素結合でつながっており、こちらの方がより頑丈。GC率が高いと結合した後になかなか離れない。よって増幅しにくくなる。GC率が高いと高いアニーリング温度が必要となる。しかしGC率が低いとDNAが不安定になってしまう。 - 目的の配列(PCRで増やしたい配列)から50ｂbp程度は余裕をもって設計する。
- 結合できる箇所が1つしかないことを確認する。
今回は短いですが、以上です。
